拉卡拉POS機刷信用卡的手續費是根據銀聯規定的標準費率來執行的。在通常情況下，信用卡刷卡的費率是0.6%，這意味著每刷100元需要支付0.6元的手續費。因此，當使用拉卡拉POS機刷信用卡1000元時，按照標準費率計算，手續費應為6元。

拉卡拉POS機這樣的費率設定是合理的，它符合銀聯的規定，也體現了POS機服務商和銀行之間的合作成本。同時，這個費率也保證了商戶在使用POS機進行信用卡交易時的公平性和透明度。

值得注意的是，手續費的收取并非隨意決定，而是基于一系列復雜的因素和計算規則。這些因素包括商戶的行業類型、交易金額、交易頻率等。銀聯和POS機服務商會根據這些因素來制定和調整費率，以保證市場的公平競爭和商戶的合理利益。

此外，拉卡拉POS機還支持多種支付方式，包括支付寶、微信等，這些支付方式的手續費一般也較低，為商戶提供了更多的選擇和便利。因此，商戶在選擇使用拉卡拉POS機時，可以根據自身的經營情況和需求，選擇合適的支付方式和費率方案。

綜上所述，拉卡拉POS機刷信用卡1000元扣6元手續費是合理的。這既符合銀聯規定的標準費率，也體現了POS機服務商和銀行之間的合作成本。同時，商戶也應根據自身情況選擇合適的支付方式和費率方案，以最大化自身的利益。